故事发生在一所名叫第3新东京世立NERV学园中，校长是严肃又寡言的碇原度。作为校长的儿子，碇真嗣感到压力很大。于此同时，来自外国的红发转学生明日香，分裂成三个、以姐妹的形式出场的凌波丽都给碇真嗣的学校生活带来了翻天覆地的变化。此外，在原作中高大帅气的初号机，也将以娇小可爱的形象，作为学院的一份子出现…
