闪耀着蓝色光辉的矿石“吉夫特矿石”所覆盖的大地,行星吉夫特。宗吾·天城是住在因吉夫特矿石采掘而繁荣的小镇,靛蓝花园的纯朴少年。以收集稀少矿石为乐趣的宗吾,某天被卷入同级生卡恩、罗曼、欧特等人引发的骚动,迷失在矿山深处的地底湖。在那里,宗吾遇到了一位不可思议的少女……随风飘逸的蓝色长发,直直凝视的…
魔法が技術として確立され、約一世紀が過ぎた二〇九五年四月。魔法師を育成する国立魔法大学付属第一高校、通称“魔法科高校”に二人の兄妹が入学した。一人は魔法師として致命的な欠陥を抱える劣等生の兄?達也。もう一人は完全無欠の魔法師として讃えられる優等生の妹?深雪。時に恋人同士と間違われるほど仲睦まじい二人…